Участие в строительстве этого храма, считающегося одним из самых старейших в северной столице, принимала сама блаженная Ксения Петербургская. История гласит, что святая по ночам переносила кирпича снизу на колокольню, облегчая труд рабочим. Каменщики каждое утро недоуменно отмечали, что сложенный у храма поддон чудесным образом оказывался на верхнем ярусе строения. Интересно, что и похоронена Ксения Петербургская была неподалеку от Смоленской церкви. В наши дни храм по праву считается местом, которому блаженная оказывает свое небесное покровительство.

Смоленский храм был заложен на территории кладбища Васильевского острова. Церковь было решено посвятить иконе Пресвятой Богородицы «Смоленская». Строительство завершили в 1790 году, и с тех пор храм стал еще одним центром духовной жизни горожан. Постепенно церковь расширялась: прихожане жертвовали утварь, иконописцы даром писали иконы, появлялись новые приделы. Перед революцией 1917 года храм насчитывал 5 приделов.

В начале XIX века скончалась и была похоронена на кладбище блаженная Ксения Петербургская. Еще при земной жизни святая пользовалась почитанием и уважением жителей. На ее могилу потянулись для поклонения верующих. Тогда-то и возросла в народе популярность кладбищенской церкви. Люди возносили молитву в храме Смоленской иконы Божией Матери на Смоленском кладбище в Санкт-Петербурге, прося Бога, Богородицу и святую Ксению о помощи в своих нуждах. В 1902 году, несмотря на отсутствие официальной канонизации, на могиле блаженной была построена часовня.

После революции Смоленская церковь была закрыта, многие святыни утрачены. Та же участь постигла и часовню над могилой блаженной Ксении. Ее даже хотели снести, но милостью Божией здание пережило советскую эпоху. В наши дни верующие имеют возможность совершать молитву в храме Смоленской иконы Божией Матери на Смоленском кладбище в Санкт-Петербурге, подавая записки на молебен к чудотворному образу и мощам святой Ксении.