В начале XVII века монах Серпион основал недалеко от владимирских Вязников обитель. Местность представляла собой дремучий лес с вкраплением зыбких болот. Для искавших уединения иноков пустынь была идеальным местом. Глубокая молитва в Свято-Троице Серапионовой мужской пустыни совершалась покинувшими мир подвижниками. Жизнь в обители была тяжелой, поэтому привлекала сильных духом людей. Деревянная Троицкая церковь стояла в обители и была ее духовным сердцем до 1764 года. По указу императрицы монастырь был закрыт и преобразован в приход. К тому времени вокруг обители образовалась небольшая деревня в 100 крестьянских дворов.
Храм был перестроен в каменный в первой трети XIX века усилиями местных жителей. По благословению Феофана (Затворника), бывшего в то время епископом Владимирским, на месте Серапионовой пустыни возродили монастырь, но уже женский. В 1900 году был заложен Преображенский храм, ставший второй церковью обители. Советская власть закрыла монастырь, не дав закончить строительство. Преображенский храм был взорван в результате рейда НКВД. Несмотря на это, долгое время в Серапионовой пустыни скрывались от преследований верующие. Удаленность и труднодоступность местности помогала им избегать лишнего внимания со стороны власти.
В 1937 году коммунисты решили покончить с монастырем. Были арестованы все укрывавшиеся здесь священники и монахи, некоторые из них позже подверглись смертной казни. После Великой Отечественной Войны монастырский храм опустел, а близлежащие села обезлюдели. Возродиться обители суждено было в 2001 году. Мужской монастырь появился на историческом месте, как и в те времена, в безлюдной и труднодоступной местности. В наши дни монахи живут здесь без электричества и центрального отопления, передвигаются на единственной лошади, запряженной в телегу, и не имеют связи с миром. Дорога до Вязников лежит через лес и болота, и в некоторых местах возможен лишь пеший проход.
Обитель считается одной из самых труднодоступных и суровых в современной России. Но монахам требуется помощь мирян, чтобы восстановить находящийся в аварийном состоянии храм и возвести самые необходимые постройки на территории. Через обращение за исполнением треб в Свято-Троице Серапионову мужскую пустынь или жертвой на именной кирпич. Иноки обители будут возносить молитву о своих благотворителях в чтении Псалтыри и за Божественной Литургией.
